| Title | Parts |
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| many anonymous compositions in the Bibliotheca Nacional de Lisboa are attributed to Francisco Xavier Baptista, following are only those that have been confirmed by Vieira 1900 | |
| [] Dodeci sonate, variazione, minuetti per cembalo. Opera I. Harpsichord. op1 pub Stampati a spese degli Sig.re assinanti composti da Francesco Zav.o Battista maestro e compositore di musica. Sculp.te da Francesco D. Milcent. Stampati da Francesco M.el, Lisbona. Vendese na Loge do d.to Estampador no fim da Rua do Paceio. Lisbon 1770 |
[] 1 - in g. Allegro - Allegro comodo con variazioni [] 2 - in G. Allegro - Allegro moderato con variazioni [] 3 - in F. Presto - Andante moderato - Allegro comodo [] 4 - in B flat. Allegro - Allegro [] 5 - in C. Allegro - Minuetto [] 6 - in E flat. Allegro - Minuetto [] 7 - in D. Presto - Minuetto [] 8 - in c. Allegro - Minuetto [] 9 - in E flat. Allegro spiritoso - Minuetto [] 10 - in A. Presto - Minuetto [] 11 - in E. Allegro assai - Minuetto [] 12 - in D |
| [] Tocata per cembalo del Sig.r Francisco Xavier Baptista. Alle Dame 1765 ms Bibliotheca Nacional de Lisboa |
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| [] Motete a quatro vozes e orgao composicao de Xavier Baptista, indicada a data de 1766 autograph ms Bibliotheca Nacional de Lisboa |
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| [] He somente a minha vida sempre penar e sofrer. Duet published in Jornal de Modinhas publicado pelo gravador Milcent. Lisbon 1794 |
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| [] Sonata para cravo. Harpsichord por o. sr. Francisco Xavier Baptista ms Bibliotheca Nacional de Lisboa |
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| [] Minuetto para cravo. Harpsichord por o. sr. Francisco Xavier Baptista ms Bibliotheca Nacional de Lisboa |